第一個難處
港澳台聯招這項考試雖然是由中華人民共和國教育部考試中心舉辦的，但是中國大陸各個省份在高中階段使用的教材卻互不相同，各省高考各有其考試大綱與內容，因此各省的高中授課大綱就隨各省高考而異。港澳台聯招考試的考綱是一份與各省完全不同的大綱(所以建議台生要前往報考的話，或許要找專業的港澳台聯招補習班諮詢)，這份大綱不知是哪一年訂定的，而隨了中國教育部的高中課程改進，這份大綱卻沒有隨了課改而更新，因此形成了「學的新、考的舊」的現象。即便是在大陸就學的台生，因為各省高中課程的不同，也形成了課程難易不同的怪現象。一般認為，廣東、上海使用的版本均偏簡單，考試難度上就顯得港澳台聯考內容較難。福建省使用的各科是人教版(人民教育出版社)，他的差異與港澳台考綱最小，但是以理科來說，仍然在數學與物理這二科上要做大量的補充。以文科的歷史來說，知道的同學都會收集在課改前的五本老歷史課本，因為這個教材範圍較廣，有些出題內容會落在老的課本範圍內。遵循考綱的結果是，在出題上，為了能達成與考綱的一致，常常會出現一些在課改前的老考題，考生如果在考前沒有準備到，進了考場會發生完全沒有辦法下手的窘境，這樣就讓應試考生產生了不知該如何準備考試的困惑。歸納起來簡單的說，
第一個難處是「學的新、考的舊」、「學的易、考的難」和「學的多、考的偏」。
第二個難處
港澳台聯招考試分為文科和理科，文(理)科考試科目分別為：語文、數學、英語、歷史(物理)、地理(化學)，每科滿分150分，總共750分，從分數上看，港澳台聯考和各省大多數的高考在總分上是一致的。考試的日期自2010年起定在了每年５月下旬的兩天，但是考試的報名時間卻是提早在每年的3月中旬，在報名的過程裏，不單是要完成報名的手續，連同要報考大學的科系志愿也要在報名時定下來，每人限定為二所大學，各5個科系。這樣的考試報考方式讓應試的學生根本無法在考前二個月就能確定自己的實力與最佳的考試落點在哪裏，就更別說一般的考生是否能在5月份能完成充份的應考準備了。以現行的大陸一般高中課程時間安排來說，一般在高二下升高三的暑假時，會把重要科目都教授完了，到了高三上學期，學校會安排了二輪的復習，而到了高三下學期通常會舉辦大批次的模擬考試讓學生重復練習考試的技巧。對港澳台學生來說，如果學生較早知道是項考試的內容和方式，通常應該要在高二下學期以自學的方式，或是請家教的方式去補足缺漏的教學點。有些同學會在高三的一開學就尋覓一個適當的補習學校，完全投身在準備考試的作息中，以一年的時間來做充裕的準備，一般港澳台聯招補習學校會安排學生報名與應考的相關事宜，因此學生與家長都可以跟隨其腳步前進，而不知道這項考試的學生往往會發生措手不及的現象，在三月份報名時眼高手低的報了排名高或是太熱門的學校和志愿，以致發生根本考不上或是高分考不上的現象，這是港澳台聯考的第二個難處是「先填志愿後考試」與「志愿與分數不搭配」。
